Создание символической ссылки.
MKLINK [[/D] | [/H] | [/J]] Ссылка Назначение
/D Создание символической ссылки на каталог.
По умолчанию создается символическая ссылка на файл.
/H Создание жесткой связи вместо символической ссылки.
/J Создание соединения для каталога.
Ссылка Имя новой символической ссылки.
Назначение Путь (относительный или абсолютный), на который ссылается
новая ссылка.
Вроде бы все достаточно просто.
/H - Жесткая ссылка. Это просто еще одна запись в папке для данного файла. Когда создается жесткая ссылка, сам файл не копируется физически, а только появляется под еще одним именем или в еще одном месте, а его старые имя и местонахождение остаются нетронутыми.
/J - Эта технология позволяет отображать любые локальные папки на любые другие локальные папки. В отличие от жестких ссылок, связи папок не обязательно должны располагаться на том же диске.
/D - Символические ссылки представляют собой улучшеный вариант связей каталогов - символические ссылки могут указывать как на папки, так и на файлы, как на локальные, так и на сетевые.
Но не тут то было 
При создании символической ссылки
mklink /D "D:\Repositories\GitHub\public\php" "D:\Projects\php"
GitHub - клиент в упор отказывался что-либо видеть в указанном разделе. Но
если создать связь (/J), то все становится хорошо.
Для идентификации ссылки нужно воспользоваться командой DIR.
D:\Projects>dir
Том в устройстве D имеет метку Files
Серийный номер тома: 0000-0000
Содержимое папки D:\Projects
31.07.2013 13:26 <DIR> .
31.07.2013 13:26 <DIR> ..
31.07.2013 13:26 <JUNCTION> subdir [C:\Users\xxx\SkyDrive\Projects\subdir]
0 файлов 0 байт
3 папок 212 842 610 688 байт свободно